Shimabara es una ciudad japonesa localizada en la parte noreste de la península de Shimabara, abarca el valle de Ariake al este y el Monte Unzen (incluyendo Fugendake) al oeste, en la prefectura de Nagasaki, isla de Kyūshū, Japón. Shimabara es un pueblo-castillo, y fue la capital del dominio de Shimabara durante el período Edo. Era el sitio de considerable comercio extranjero y actividad misionera durante la época tardía del período Muromachi, y a principios del período Edo, un gran porcentaje de la población de Shimabara eran Kirishitan (cristianos japoneses).

Debido al desgobierno, altos impuestos y la persecusión del cristianismo, la población se levantó en armas iniciando la llamada rebelión de Shimabara de 1637, la cual fue reprimida con extrema severidad por el Shogunato Tokugawa. Shimabara fue gobernada por una rama genealogica del clan Matsudaira en los años de 1668 a 1774 y desde 1774 a 1871. La moderna ciudad de Shimabara adquirió la denominación de ciudad el 1 de abril de 1940 con la fusión del antiguo pueblo de Shimabara con varias aldeas cercanas.

El 1 de enero del 2006 el pueblo de Ariake, del distrito de Minamitakaki, fue agregado a la ciudad Shimabara. A lo largo de su historia, Shimabara ha sido dominada por la actividad sismica del Monte Unzen. Una gran erupción volcánica en 1792 provocó un tsunami el cual destruyó gran parte del pueblo, hecho en el que murieron al rededor de 15,000 personas, siendo uno de los peores desastres volcánicos en toda la historia de Japón. En la historia reciente, han ocurrido grandes erupciones en los años 1990-1991 que resultó en flujos piroclásticos en el que murieron 43 personas y obligó a evacuación a cientos de otras. La quinta conferencia internacional de volcanes tuvo lugar en Shimabara el 19 de noviembre de 2007.